在迪拜自貿區設立公司通常具有許多優勢，如非本地業務零增值稅、零營業稅、零利得稅、零薪俸稅；完善的財務制度；100%控股權；無外匯管制；可自由處理公司利潤；享受多國雙邊貿易協定等。

不過，也可能存在一些劣勢和限制，具體因自貿區的不同而有所差異，常見的情況如下：

- **業務地點限制**：公司的業務活動通常限于自貿區內部，如果需要在迪拜本地市場開展業務，可能需要額外的許可。例如，迪拜杰貝阿里自由區（JAFZA）內注冊的公司不得在阿聯酋直接開展任何商業活動。

- **政府招標限制**：在參與政府招標時可能面臨一定的限制。

- **員工簽證限制**：員工簽證申請資格有限，能獲得的簽證名額可能較少，且費用因自貿區而異。一些自貿區可能對擁有工作簽證的員工數量與辦公室面積有一定的關聯要求。

- **特定業務限制**：每個自貿區都有其允許開展的業務范圍清單，不管是外國投資者還是本國投資者均只能在該范圍內開展業務。如 JAFZA 特別要求，針對設立在自由區內的離岸公司不得在阿聯酋開展銀行業務、保險或再保險等業務。

- **注冊和運營成本**：雖然自貿區提供了一定的便利和優惠，但公司的注冊、租賃辦公空間以及可能需要的服務等仍可能產生一定的費用。 在考慮投資迪拜自貿區之前，建議了解具體自貿區的規定、政策和要求，以便更全面地評估投資的劣勢和限制，并做出明智的決策。