注冊迪拜公司存在以下一些劣勢：

1. 內地公司本地股東限制：內地公司需要有至少51%的本地股東，限制了外資的控股權，這對很多外國投資者是個制約。

2. 高運營成本：迪拜的租金、人員成本等較高，尤其是在市中心和一些熱門自由區，辦公空間和生活成本較貴。

3. 有限的市場準入：自由區公司雖然享有外資擁有權，但不能在自由區以外的阿聯酋市場直接進行商業活動。

4. 行業監管嚴格：某些行業，如金融、醫療、教育等，需要額外的行業許可和更嚴格的監管，這增加了注冊的復雜性。